Фамилия Хабук — крайне редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, она не указывает на принадлежность отцу через патроним, а сохранила форму, которая могла быть прозвищем или этнонимом, застывшим без изменений. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная без специального суффикса, то есть «островная» — просто слово, ставшее фамилией.

Самая вероятная версия связывает Хабук с тюркскими языками, в частности с кумыкским или ногайским. В них «хабук» (или близкое «кабук») означает «кора», «шелуха», «скорлупа». Прозвище могли дать человеку за сухощавость, нелюдимость или, напротив, за какую-то внешнюю «шершавость» — по аналогии с корой дерева. В тюркской ономастике такие прозвища по природным объектам встречаются часто, и они легко становились фамилиями, особенно в среде горских народов Кавказа и Поволжья.

Менее распространённая гипотеза — адыгское (черкесское) происхождение. В адыгских языках есть слово «хъэбгъу» (произносится близко к «хабгу»), означающее «бок», «сторона» или «соседний». Если фамилия прошла через русскую запись, она могла исказиться до «Хабук». В таком случае предок мог быть «соседом» или человеком, жившим на отшибе.

Исключать и славянскую версию полностью нельзя, хотя она слабее. В украинских и белорусских говорах «хабук» или «хабун» иногда фиксировали как диалектное название жука-навозника или, в переносном смысле, — копушливого, медлительного человека. Но ареал таких слов узок, и подтверждений массового бытования фамилии в славянской среде нет.

Географически фамилия Хабук встречается в основном на Северном Кавказе (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия) и в Ставропольском крае. Это косвенно указывает на тюркские или адыгские корни. Встречаемость фамилии в центральных областях России — единичная, почти наверняка результат миграции.

Какой бы ни была верная этимология, ясно одно: фамилия Хабук не происходит от христианского календарного имени и не является типичной русской фамилией-патронимом. Её носители, скорее всего, потомки людей, получивших прозвище по внешнему признаку или местности, и сохранивших его в неизменной форме с тех пор, как фамилии стали закрепляться в их регионе — примерно в XVIII–XIX веках.