Фамилия Хубенку — редкий пример восточнославянской фамилии, которая сохранила украинскую или белорусскую словообразовательную модель в неизменном виде. В русском языке такие фамилии обычно русифицировали, добавляя окончания -ов или -ин, но Хубенку осталась в исходной форме. Ключевой элемент здесь — суффикс -енк(о), который в украинской и белорусской традиции означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Хубенку — это буквально «маленький Хуб» или «сын Хуба».

Основа фамилии — Хуб — вызывает вопросы. В славянской ономастике прямого имени или прозвища «Хуб» почти не встречается. Скорее всего, это фонетическая адаптация заимствованного слова. Самая вероятная версия: корень восходит к немецкому или идишскому Huber, что означает «крестьянин-собственник», «владелец надела». В южно-немецких диалектах Hub(e) — это земельный участок определенного размера. Фамилия Губер (Huber) одна из самых распространенных в немецкоязычном мире. На западе Украины, в Галичине и на Волыни, где веками жили немецкие колонисты, фамилия могла перейти в украинскую среду, потеряв окончание -ер и получив уменьшительный суффик -енк(о). Так Хубер превратился в Хубенка, а в родительном падеже — в Хубенку.

Менее вероятная версия связывает основу с диалектным украинским «хуб» — возможно, искаженное «хоб» (хобот, что-то вытянутое) или производное от «хуба» (шапка, капюшон в польских говорах). Но для этих значений нет устойчивых прозвищных параллелей в восточнославянских фамилиях.

Географически фамилия Хубенку тяготеет к западным регионам Украины — Волынь, Ровенская область, отчасти Хмельнитчина. В России она встречается единично, чаще всего как результат миграции XX века. Социальный контекст: предки носителя фамилии могли быть либо крестьянами-собственниками немецкого происхождения, принявшими православие, либо украинцами, получившими прозвище по соседству с такими колонистами. Примечательно, что фамилия не получила окончания -ский или -ович, что указывает на простое крестьянское или мещанское происхождение, без шляхетских притязаний.