Фамилия Худагулиев — один из тех случаев, где на стыке тюркского и персидского языков рождается имя, которое потом становится родовым. В основе лежит сложное мужское личное имя Худагули, распространённое у народов, исповедующих ислам, особенно у азербайджанцев, туркмен и народов Дагестана. Разобрать его стоит по частям: первая часть «Худа» (или «Худай») восходит к персидскому слову со значением «Бог», «Всевышний». Вторая часть — «гули» — тюркское слово, означающее «раб», «слуга». Вместе Худагули буквально переводится как «раб Божий», «слуга Всевышнего». Это теофорное имя, то есть имя, включающее имя Бога, что типично для мусульманской традиции (сравните с именами Абдуллах, Гулам-Али).

Суффикс -ев в русской передаче фамилии указывает на принадлежность: Худагулиев — это «сын Худагули» или «из рода Худагули». Такая модель образования фамилий (тюркское имя + русский патронимический суффикс) характерна для народов Северного Кавказа, Закавказья и Средней Азии, которые в XIX–XX веках входили в состав Российской империи. Фамилия фиксировалась в документах при переписях и паспортизации, когда инородные имена русифицировали, добавляя стандартные окончания.

Географически фамилия Худагулиев наиболее плотно представлена в Азербайджане, а также среди азербайджанцев Дагестана и туркмен. Встречаются варианты написания — Худайгулиев, Худагулыев, что связано с диалектным произношением (чередование «й» и мягкого «д»). Поскольку имя Худагули было популярно в среде крестьян и ремесленников, фамилия не указывает на какое-то одно сословие — её носителями могли быть и земледельцы, и торговцы, и духовные лица.

Любопытно, что вторая часть фамилии — «гули» — иногда ошибочно воспринимается как отсылка к цветку (персидское «гюль» — роза). Но здесь корень другой: «гул» в значении «раб» (от арабского «гулам»). Так что смысл фамилии строго религиозный, без поэтических подтекстов. В целом Худагулиев — типичная фамилия-патроним, которая прямо говорит об имени предка, носившего благочестивое имя «Слуга Божий».