Фамилия Худаир — редкая и неочевидная с точки зрения привычных русских фамильных моделей. Она не вписывается в ряд типичных окончаний на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусское или искусственное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде тюркских или кавказских народов, где она могла быть образована от личного имени.

Самая вероятная версия: Худаир — это русифицированная форма арабского или тюркского имени Худайар (или Худаяр). В переводе с персидского и тюркских языков «Худа» означает «Бог», а «яр» — «друг», «любимый». Таким образом, имя Худайар означает «друг Бога» или «возлюбленный Богом». Такие имена были распространены среди мусульманских народов Поволжья (татары, башкиры) и Кавказа. При переписи населения или записи в метрические книги имя могли записать на слух как Худаир, отбросив конечный «й» или заменив его на «и».

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «худа» — «худой», «тощий». В этом случае Худаир могло быть прозвищем для очень худого человека, но такое словообразование (с суффиксом -ир) нетипично для русских прозвищ, поэтому эта гипотеза слабая.

Географически фамилия Худаир встречается в основном в регионах с татарским или башкирским населением, а также среди народов Северного Кавказа. В России её носители — потомки тех, кто в XIX–XX веках получил паспорт или был записан в церковные книги под этим именем. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян до духовенства, так как имя с религиозным значением («друг Бога») давали часто детям мулл или уважаемых старейшин.

Фамилия не имеет стандартного русского суффикса, поэтому её склонение — по правилам заимствованных фамилий: Худаир, Худаира, Худаиру и так далее. В паспорте она обычно пишется с ударением на второй слог — ХудАир.