Фамилия Худайдодова — редкий пример фамилии, образованной от полного арабско-персидского теофорного имени (содержащего компонент «бог»). Её основа — мужское имя Худайдод, которое на таджикском и дари буквально означает «Бог дал»: «Худай» (Бог, Всевышний) + «дод» (дал). Это калька с арабского имени Аллахберды (Аллах + берды — «дал») и родственница тюркской фамилии Худайбердиев. Фамилия закрепилась в форме женского рода (Худайдодова) — по правилам русской грамматики для женщин, хотя исходное имя мужское.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель патронимической фамилии: «чей?» — Худайдодов, то есть потомок Худайдода. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Худайдодо́ва, как в большинстве фамилий на -ов с четырёхсложной основой. Такое оформление встречается у народов Средней Азии, чьи фамилии русифицировали в XIX–XX веках: таджиков, узбеков, отчасти афганцев.

Фамилия почти не встречается за пределами Таджикистана и северного Афганистана. В России она редка — носители, как правило, мигранты первого-второго поколения. В отличие от фамилий с корнем «Кудай» (каракалпакский вариант), Худайдодова сохранила начальное «Ху-», что выдает её персидско-таджикское происхождение, а не тюркское.

С точки зрения социальной истории, предок носителя фамилии вряд ли принадлежал к знати: теофорные имена вроде «Бог дал» давали в простых семьях, часто в благодарность за долгожданного ребёнка или после выживания младенца. Фамилия не несёт сословной окраски — она крестьянская или ремесленная, что типично для массовой русификации имён в Средней Азии при советской паспортизации 1920–1930-х годов.

Единственная ономастическая трудность — возможная путаница с фамилией Худайдодов (без конечного -а). В документах встречаются оба варианта, но «Худайдодова» — строго женская форма, а «Худайдодов» — мужская. Если вы ищете историю по мужской линии, правильнее смотреть на вариант Худайдодов.