Фамилия Худайдов — редкий случай, когда географический маркер спорит с языковым. Если смотреть на суффикс, то перед нами типичная русская патронимическая модель на -ов: «чей?» — Худайдов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Худайд. Но само имя Худайд — не русское и не славянское. Его корень уходит в арабо-тюркский мир, где «Худай» (Худа, Кудай) означает «Бог» (в персидском и тюркском «Худа» — Всевышний, Создатель). Форма Худайд — это либо уменьшительно-ласкательный вариант (как «Аллах» → «Аллахберды»), либо диалектное произношение имени Худайберды («Бог дал»), которое было широко распространено у татар, башкир, казахов и других тюркских народов.

Ключевая загадка Худайдовых — как имя из исламской традиции получило русский суффикс. Это могло произойти двумя путями. Первый: предок носителя был крещёным татарином или башкиром, принявшим православие. В таких семьях часто давали «старое» имя в качестве фамильной основы, а суффикс -ов добавляли по русской канцелярской норме. Второй: фамилия возникла в среде русских переселенцев, которые контактировали с тюрками и записывали прозвище соседа на свой манер: «Худайд» — «Худайдов сын». В пользу второй версии говорит то, что фамилия почти не встречается в исконно татарских селениях, зато фиксируется в документах по Оренбургской и Уфимской губерниям — зонах активного смешанного населения.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «гибридных» образований, как Абдулов, Назаров, Ибрагимов. Но если Абдулов и Ибрагимов — массовые фамилии, то Худайдов — штучная. В дореволюционных метрических книгах она встречается редко, чаще в форме Худайдовъ, и почти всегда у государственных крестьян или отставных солдат. Это косвенно указывает на недворянское происхождение: фамилия не попала в «Бархатную книгу» и не закрепилась за помещиками.

Стоит упомянуть и возможную омонимию. В некоторых говорах «худайд» могло быть искажением слова «худай» в значении «худой, тощий» (через тюркское «худа» — слабый, немощный). Но эта версия слабая: для прозвища по внешности в русском языке хватало своих корней («Худяк», «Худой»), и незачем было заимствовать тюркское слово. Правдоподобнее, что основа всё же религиозная.

Таким образом, современный носитель фамилии Худайдов с высокой вероятностью имеет предка, который жил на границе русских и тюркских земель, был либо крещёным мусульманином, либо русским, получившим прозвище от соседей-татар. Фамилия не древняя (массово оформилась в XVIII–XIX веках), но сохранила в себе память о межэтническом контакте, который в те времена был обычным делом в Поволжье и Приуралье.