Фамилия Худайдатов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Худайдатов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Худайдатов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Худайдатов образована от мусульманского мужского имени Худайдат - варианта персидского имени Худайдад, которое переводится как «дар божий». Именем Худайдат могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Худайдатов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Худайдатов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.