Фамилия Ходайдатов образована от имени Ходайдат, которое представляет собой диалектный вариант персидского имени Худайдат. На русский язык оно переводится как «дар Аллаха». Таким образом, потомок человека, которого звали Ходайдат, со временем получил фамилию Ходайдатов.