Фамилия Худайдатова — женская форма фамилии Худайдатов, и её разумнее рассматривать в паре, начиная с мужского варианта. Основа фамилии восходит к арабскому имени Худайда (или Худайдат), что в переводе означает «дар Божий» или «подарок Всевышнего». Это имя, в свою очередь, образовано от корня «х-д-й», связанного с понятием «вести по правильному пути» или «даровать». В исламской ономастике такие имена (Худайда, Худайдат) встречаются у народов, традиционно исповедующих ислам, — татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Модель образования фамилии проста: к личному имени Худайдатов (где -ов — русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду) добавили окончание -а для обозначения женщины. Таким образом, Худайдатова буквально означает «дочь или жена Худайдата». Важно: в русской традиции фамилии на -ов/-ев закрепились в XV–XVII веках, но у мусульманских народов они часто появлялись позже, в ходе русификации документов в XIX — начале XX века.

Географически фамилия Худайдатова встречается в регионах с татарским и башкирским населением (Татарстан, Башкортостан), а также в Дагестане, где распространены арабские имена. Встречаются варианты написания с одной «т» — Худайдатов, но в русской передаче двойная «т» (от имени Худайдат) более канонична. Сравните с однокоренными фамилиями: Худайбердин, Худайгулов — все они отсылают к идее божественного дара.

Спорных версий у фамилии почти нет: корень прозрачен, а суффикс -ов типичен для русской патронимии. Единственное, что может сбить с толку, — возможная связь с тюркским «худай» (бог, всевышний) и иранским «дад» (дар). Но в данном случае «худай» — это арабизм, усвоенный через тюркские языки, а не исконно тюркское слово. Так что фамилия Худайдатова — это не прозвище по ремеслу или внешности, а прямое указание на имя предка, которое родители дали ему с надеждой на божественную милость.