Фамилия Худайдатов образована от мусульманского мужского имени Худайдат - варианта персидского имени Худайдад, которое переводится как «дар божий». Именем Худайдат могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше.