Фамилия Худатов — один из примеров того, как тюркское имя или прозвище получило русское оформление и закрепилось в документах. Основа здесь — тюркское мужское имя Худат (или Худай). В разных тюркских языках «худай» означает «бог», «господь», «всевышний». Имя Худай давали с пожеланием божественного покровительства, и оно было распространено у татар, башкир, казахов и других народов.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, типичную для XVI–XIX веков. Так оформляли фамилии крещёным татарам, башкирам, а также выходцам из тюркской среды, которые переходили на русскую службу или переселялись в центральные губернии. Фамилия Худатов означает «сын (или потомок) Худата» — по отцу, носившему это имя.

Встречается и более прозаичная версия: в некоторых говорах русского языка «худатой» могло означать «худой», «тощий». Но это скорее народное переосмысление, чем исходный корень. Основной массив носителей фамилии — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, что подтверждает тюркское происхождение.

Есть редкий вариант написания — Худатовъ, с твёрдым знаком на конце, — он встречается в дореволюционных метрических книгах и исповедных ведомостях. Встречается и ударение на последний слог: Худато́в, хотя литературная норма — на второй.

Сословно предки Худатовых чаще всего были государственными крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, хотя отдельные носители могли получать личное дворянство за выслугу на гражданской или военной службе.