Основой фамилии Худоконенко послужило мирское имя Худоконь. Мирское имя Худоконь образовано от словосочетания «худой конь». В старину прилагательное «худой» имело значение «неладный, негодный, дурной, плохой». Конь же в народной традиции был одним из наиболее мифологизированных животных, воплощавших связи с миром сверхъестественного. Он также был присущ культу плодородия. Имя Худоконь относится к охранительным именованиям. Согласно обычаю, существовавшему у славян, подобные имена присваивались ребенку с целью отвращения злых сил. Для того чтобы не искушать судьбу и отвести зло, детям давались имена со значением прямо противоположным тому, что ожидали или желали им родители. Так, нарекая ребенка именем Худоконь, семья желала ему быть счастливым и жить всегда в достатке. Поэтому Худоконенко буквально понималось как «сын Худоконя».