Фамилия Худойнатов — редкий случай, когда прозвище сохранило в своей основе не просто прилагательное, а сравнительную степень. Её ядро — слово «худой» в значении «тощий, не толстый», но с суффиксом -нат-, который в русских говорах образовывал прилагательные со значением «обладающий данным признаком в сильной степени». То есть «худойнатый» — это не просто худой, а очень худой, худющий. Такая модель встречается в диалектной лексике: вспомните «горбоносый», «скуластый» — здесь тот же принцип, только с редким суффиксом.

Фамилия образована по стандартной патронимической схеме: прозвище Худойнатый → Худойнатов (чей сын?). Суффикс -ов указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий, сформировавшихся в XVI–XVII веках. Интересно, что основа не усекалась — полная форма прозвища перешла в фамилию целиком, что говорит о её относительной молодости: в более ранних фамилиях (вроде Худяков) корень успел сократиться.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям, особенно к Рязанской и Тамбовской губерниям, где диалектное «худойнатый» фиксировалось в речи. В этих краях прозвище могло закрепиться за крестьянином или однодворцем, выделявшимся внешностью, — без иронии, а как точная бытовая характеристика. Второй, менее вероятный вариант: в некоторых говорах «худой» означало «плохой, негодный», и тогда Худойнатый — это «весьма плохой», но такая трактовка спорна, так как оскорбительные прозвища редко становились основой фамилий без смягчения.

Словарь Б. Унбегауна не упоминает эту фамилию, что подтверждает её редкость. В современной России она встречается единично, в основном в Рязанской области и у потомков переселенцев из центральных регионов. По написанию фамилию иногда путают с Худойнатовым (с двойным «н»), но это разные варианты: двойное «н» могло возникнуть под влиянием церковнославянской орфографии или случайной ошибки в документах.