Фамилия Худайнатов происходит от имени Худайнат. Оно представляет собой вариант имени Худайдат. Это именование образовано от древнетюркского существительного «худай» со значением «божество» и переводится как «дар Аллаха». Именем Худайнат могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше. Таким образом, потомок человека, которого звали Худайнат, со временем получил фамилию Худайнатов.