Фамилия Худайнатов является самобытным памятником восточной культуры. Фамилия Худайнатов происходит от имени Худайнат. Оно представляет собой вариант имени Худайдат. Это именование образовано от древнетюркского существительного «худай» со значением «божество» и переводится как «дар Аллаха». Именем Худайнат могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше. Таким образом, потомок человека, которого звали Худайнат, со временем получил фамилию Худайнатов. Безусловно, фамилия Худайнатов представляет собой замечательный памятник восточной культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Худайнатов можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.