Фамилия Худыберрдыев — редкий случай, когда написание почти кричит о своём происхождении. Двойная буква «р» в середине — не опечатка и не ошибка переписчика, а прямое отражение тюркского корня. Это фамилия туркменского или, реже, узбекского происхождения, построенная по русской патронимической модели: к тюркскому имени или прозвищу добавили русский суффикс -ев, означающий «сын» или «потомок».

Основа фамилии — личное имя Худыберды. Оно составное: первая часть «Худы» восходит к арабскому «Худа» (Бог, Всевышний), вторая — «берды» (дал) из тюркских языков. Полное значение — «Бог дал» или «дарованный Богом». Такие имена-пожелания были распространены у народов Средней Азии: родители давали их, чтобы подчеркнуть, что ребёнок — дар свыше. Удвоение «р» в русской записи (Худыберрдыев вместо ожидаемого Худыбердыев) — скорее всего, следствие местного произношения с энергичным, раскатистым звуком, который на письме передали двумя буквами, или же результат канцелярской ошибки при записи фамилии в паспорт или метрику.

С точки зрения социальной истории, фамилия Худыберрдыев — поздняя. У туркмен и узбеков фамилии в современном виде массово закрепились только в советское время, в 1920–1930-е годы, при паспортизации. До этого люди обходились личным именем и именем отца (например, Худыберды — сын Анна). Поэтому предки носителя фамилии — не дворяне и не купцы, а обычные сельские жители, скотоводы или земледельцы, у которых имя впервые записали как фамилию для всего рода.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бердыев, Бердымухамедов, Худайбергенов — показывает, что корень «берды» один из самых частых в туркменской ономастике. Но именно форма с двойным «р» встречается редко, что делает фамилию Худыберрдыев локальной или даже семейной особенностью написания. Если искать географию, то вероятнее всего носители живут в Туркменистане (велаяты Мары, Лебап) или среди туркменской диаспоры в России.