Фамилия Худойбердыев — одна из тех, что пришли в русский именослов из Средней Азии и несут на себе отпечаток персидско-тюркского культурного слоя. Её основа — составное личное имя Худойберды, которое распространено у узбеков, таджиков, туркмен и других народов региона. Разобрать его стоит по частям: «Худой» восходит к персидскому «Худа» (Бог, Всевышний), а «берды» — тюркский глагол в форме прошедшего времени «дал». В сумме имя означает «Бог дал» — типичная для исламского мира формула, выражающая благодарность за рождение ребёнка, особенно долгожданного или после череды потерь.

Русский суффикс -ев, присоединённый к основе, — стандартный способ русификации фамилий нерусского происхождения. Он указывает на принадлежность: «сын Худойберды». Такая модель массово закреплялась в документах Российской империи и советских паспортах, когда местное население получало фамилии по отцу. Поэтому Худойбердыев — это буквально «потомок Худойберды».

Встречается фамилия преимущественно в Узбекистане, Таджикистане и Туркменистане, а в России — среди выходцев из этих республик. Поскольку имя Худойберды не было редким, фамилия не уникальна, но и не принадлежит к числу самых массовых. Её носители — люди, чьи предки, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками: в Средней Азии фамилии по отцу не несли сословной окраски, в отличие от русских дворянских родов.

Любопытная деталь: в советское время имя Худойберды иногда заменяли на более «светские» варианты, но фамилия сохранилась. Встречаются варианты написания через «а» — Худайбердыев, что отражает диалектные особенности произношения (в узбекском языке «а» и «о» могут чередоваться). Оба варианта равноправны, но форма с «о» (Худойбердыев) фиксируется в русских документах чаще.