Фамилия Худайбердиев образована от персидско-тюркско-татарского имени Худайберди, которое переводится как «Аллах дал». Имя Худайберди, как правило, давалось мальчику, выпрошенному у Аллаха и родившемуся после совершения специальных обрядовых действий. Имена со значением «данный Богом» весьма распространены у многих народов. Например, таким значением обладают имена Матвей, Богдан, Федор, Теодор, Деода и др.