Фамилия Худайбердыев образована от тюркского мужского имени Худайберды, которое переводится как «дар божий». Именем Худайберды могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше.