Фамилия Худайбердыев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Худайбердыев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Худайбердыев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Худайбердыев образована от тюркского мужского имени Худайберды, которое переводится как «дар божий». Именем Худайберды могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Худайбердыев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Худайбердыев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.