Фамилия Худайбердин образована от имени Худайберде, диалектного варианта мужского тюркского имени Худайбирде, которое в переводе на русский язык означает «Аллах дал». Имя Худайбирде, как правило, давалось мальчику, выпрошенному у Аллаха и родившемуся после совершения специальных обрядовых действий. Имена со значением «данный Богом» весьма распространены у многих народов. Например, таким значением обладают имена Матвей, Богдан, Федор, Теодор, Деода и др. Таким образом, потомок человека, которого звали Худайберде, со временем получил фамилию Худайбердин. Известным представителем фамилии является Шагит Ахметович Худайбердин (1886-1924) – революционер, партийный и государственный деятель, писатель.