Фамилия Худойбердыева образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — мужское имя Худойберды. Суффикс указывает на принадлежность: Худойбердыева буквально означает «дочь (или жена) Худойберды». В русской традиции такие фамилии закрепились за женщинами, а мужской вариант — Худойбердыев.

Имя Худойберды — тюркское, сложное, распространённое у узбеков, туркмен и других народов Средней Азии. Оно состоит из двух частей: «худой» (от персидского «хода» — бог, господь) и «берды» (тюркское «дал»). Таким образом, Худойберды переводится как «бог дал» или «данный богом». Это типичное теофорное имя, выражающее благодарность высшим силам за рождение ребёнка. В ономастике такие имена называют «желанными»: родители просили у бога сына и получили его.

Географически фамилия Худойбердыева чаще всего встречается в Узбекистане, Туркменистане, а также среди выходцев из этих республик в России. В русском контексте она не исконная, а появилась в результате межэтнических контактов и миграций XX века. С точки зрения словообразования, фамилия примечательна тем, что сохранила тюркскую основу в неизменном виде, а русский суффикс лишь оформил её по правилам русской грамматики — это типичный случай для фамилий народов Средней Азии, вошедших в обиход в советский период.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в русской среде аналогом по смыслу будет, например, Богодаров или Богданов — все они несут идею «дара от бога». Однако Худойбердыева стоит особняком: она прямо указывает на конкретное имя, а не на отвлечённое понятие. Социальный контекст здесь простой: предки носительницы фамилии, скорее всего, были обычными людьми, получившими имя по народной традиции, без привязки к сословию или роду занятий.