Фамилия Худынцев ведет свое начало от прозвища Худынец. Оно, вероятно, ведет свое начало от топонима Худынь или Худыни (так, например, называется одна из деревень в Ивановской области). Можно предположить, что предок обладателя данной фамилии был уроженцем одного из этих селений. Сами названия Худынь, Худыни, скорее всего, происходят от слова «худой», то есть «дурной, плохой, неладный». Так обычно именовали места, в которых, по слухам, обитала нечистая сила. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Худынец, со временем получил фамилию Худынцев.