Фамилия Худынцев — редкий пример того, как прозвище, привязанное к месту жительства, закрепилось в родовом имени. Вопреки интуитивному ожиданию, в основе лежит не личное качество человека, а название местности, откуда он был родом.

Прозвище Худынец, от которого пошла фамилия, вероятно, указывало на выходца из селений с названием Худынь или Худыни. Одна из таких деревень, например, существует в Ивановской области. Так и говорили: «он худынец», то есть приехал из Худыни. Суффикс -ец в таких прозвищах традиционно обозначал принадлежность к географическому пункту, как в словах «туляк» или «вятский». Позже, по стандартной модели русских фамилий, к прозвищу добавили притяжательный суффикс -ев, и получилось «Худынцев» — сын Худынца.

Само название Худынь, Худыни восходит к слову «худой» в значении «дурной, плохой, неладный». В народной топонимике так нередко именовали неудобные для жизни или пугающие места: болотистые низины, глухие чащи, участки с бедной почвой. Иногда считалось, что в таких местах обитает нечистая сила, поэтому селиться там избегали. Впрочем, не исключено, что название закрепилось иронически — за добротным селом, которое соседи в насмешку называли «худым».

Версия о происхождении от личного прозвища Худынец, данного тощему или слабому человеку, менее убедительна. В этом случае мы бы ожидали фамилию Худынцев от формы «Худыня» с суффиксом -ин, но форма с -ец прямо отсылает к топониму. Поэтому географическая гипотеза выглядит предпочтительнее.

Фамилия эта довольно редкая и локальная. Встречается преимущественно в центральной России, в регионах, где бытуют названия, образованные от слова «худой». Потомки Худынца, скорее всего, крестьяне или посадские люди, которые взяли фамилию по месту, откуда их род пошёл. Точных сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, что неудивительно для столь нераспространённого родового имени.