Фамилия Худынцев происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Худынцев ведет свое начало от прозвища Худынец. Оно, вероятно, ведет свое начало от топонима Худынь или Худыни (так, например, называется одна из деревень в Ивановской области). Можно предположить, что предок обладателя данной фамилии был уроженцем одного из этих селений. Сами названия Худынь, Худыни, скорее всего, происходят от слова «худой», то есть «дурной, плохой, неладный». Так обычно именовали места, в которых, по слухам, обитала нечистая сила. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Худынец, со временем получил фамилию Худынцев. О точном месте и времени возникновения фамилии Худынцев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Худынцев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.