Фамилия Худынцева образована от прозвища Худынец, и в её основе лежит не личное имя, а прозвание по месту жительства. Худынцем называли уроженца деревни с названием Худынь или Худыни — такие топонимы встречаются, например, в Ивановской области. Человек, переехавший из этих мест в другое село или город, получал прозвище по своей малой родине, а уже его дети и внуки закрепили это прозвание как фамилию.

Сам топоним Худынь восходит к прилагательному «худой» в старом значении — «дурной, плохой, неладный». В народной традиции так нередко называли неудобные, пустынные или пугающие места, где, по поверьям, обитала нечистая сила. Вопреки современному звучанию, в этом названии нет ничего оскорбительного: для крестьянской топонимики такие имена были обычным делом, они просто фиксировали репутацию места.

Суффикс -ец в прозвище Худынец указывает на принадлежность к местности: по той же модели образованы слова «туляк» (от Тула), «костромич» (от Кострома), «вятич» (от Вятка). Фамильный суффикс -ев в форме Худынцева — это уже чисто русская модель притяжательного прилагательного, отвечающая на вопрос «чей?». Получается, что фамилия буквально означает «дочь или жена Худынца», а в мужском варианте Худынцев — «потомок Худынца».

Интересно, что фамилия сохранила архаичную основу, которая в живой речи почти исчезла. Сегодня слово «худой» мы понимаем как «тощий», и связь с «плохим» уже не ощущается. Однако в древнерусском языке именно значение «плохой, неладный» было первичным, и оно сохранилось в устойчивых выражениях вроде «худая слава» или «не хуже других».

Встречается и другая, менее вероятная версия: прозвище Худынец могли дать человеку не по месту жительства, а по внешности или характеру — так могли назвать слабого, болезненного или неудачливого человека. Но эта гипотеза выглядит слабее: суффикс -ец в прозвищах людей почти всегда указывает на территориальную принадлежность, а не на качество. Поэтому версия о происхождении от названия деревни Худынь остаётся основной.

Сама фамилия Худынцева — довольно редкая, она не входит в число распространённых русских фамилий. Это типичный пример «географической» фамилии, которая могла возникнуть независимо в разных местах: где есть деревня Худынь, там и появлялись Худынцевы. С течением времени потомки тех самых Худынцевых разъехались по стране, и сегодня носители этой фамилии встречаются в разных регионах России, часто уже не подозревая о связи с конкретной деревней в Ивановской области.