Фамилия Худжанов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское имя встретилось со славянским суффиксом. Основа здесь — Худжан, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — сын Худжана. В русской среде такие фамилии обычно образовывались от имени или прозвища отца, а значит, первый Худжанов — это потомок человека по имени Худжан.

Само имя Худжан (Ходжан) восходит к арабско-персидскому «ходжа» (хожа) — «господин», «хозяин», «наставник». В тюркских языках Средней Азии это слово дало множество вариантов: Ходжа, Хужа, Кожа. Форма Худжан — скорее всего, местный диалектный вариант с добавлением аффикса -ан, который в тюркских именах часто не несёт уменьшительности, а просто оформляет имя. Встречается она у узбеков, таджиков, уйгуров. Так что носитель фамилии Худжанов, скорее всего, происходит из региона, где говорили на тюркских языках (Средняя Азия, Поволжье, Закавказье), а его предок мог быть уважаемым человеком — купцом, ремесленником или духовным лицом.

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральных областях России. По данным современных баз, она сосредоточена в Узбекистане, Таджикистане, а в России — в основном в Татарстане и Башкортостане. Это подтверждает её тюркское происхождение и позднюю адаптацию в русскую фамильную модель. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а), модель на -ов здесь стандартна для заимствованных имён, даже если исходное имя оканчивается на согласный.

Другая, менее вероятная версия — связь с арабским «хадж» (паломничество). Тогда Худжан могло быть прозвищем человека, совершившего хадж (хаджи). Но эта гипотеза слабее: в тюркских языках «хаджи» обычно передаётся как Хаҗи, Хаджи, а форма Худжан — самостоятельное имя, не обязательно связанное с паломничеством. Так что основная линия — от имени-титула «ходжа».