Фамилия Хуишкин — редкий случай, когда основа очевидна, а происхождение — нет. Вопреки ожиданиям, корень «хуишк-» не связан напрямую с обсценной лексикой, вошедшей в русский язык относительно поздно. Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища или имени, которое в старых говорах звучало иначе.

Самая правдоподобная версия указывает на диалектное слово «хуишка» — так в некоторых северных и сибирских областях называли мелкую рыбёшку, обычно ерша или окунька. Рыболовное прозвище Хуишка мог получить низкорослый, вертлявый или невзрачный человек. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от слов женского рода или прозвищ на -а/-я: Хуишка → Хуишкин. Модель та же, что у Птичкин, Рыбкин, Сорокин.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским или финно-угорским субстратом. В коми-пермяцком языке есть слово «хуй» — «волк», а «ишк» могло быть уменьшительным суффиксом. Тогда Хуишкин — «волчонок», прозвище охотника или смелого человека. Однако письменных подтверждений этой версии в ономастических работах нет, и она остаётся гипотезой.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в Вологодской и Архангельской областях — как раз там, где слово «хуишка» в значении «рыбка» фиксировали диалектологи. В дореволюционных переписях она почти не попадается, что говорит о её позднем закреплении или малом числе носителей.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Хуишкин, скорее всего, происходили из крестьян-рыбаков или охотников Русского Севера. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно. В советское время из-за неблагозвучного созвучия многие Хуишкины могли сменить фамилию, что объясняет её редкость сегодня.