Фамилия Хунагов — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор сразу упирается в вопрос происхождения. На слух она кажется тюркской или кавказской, и это верное направление. Основа «Хунаг» (или «Хуна») не имеет славянских корней, а суффикс -ов указывает на то, что фамилия русифицирована, то есть адаптирована под русскую модель фамильного суффикса при переселении или записи в документах.

Скорее всего, Хунагов — это фамилия, образованная от прозвища или имени Хунаг, которое могло быть распространено у народов Северного Кавказа, в частности у адыгов (черкесов) или осетин. В адыгских языках «хъунагъ» или схожие формы могут означать «зять», «свойственник» или «родственник по браку». Если это так, то предок носителя фамилии мог получить прозвище по своему социальному статусу или положению в роду — например, как человек, породнившийся с другим родом. В осетинском языке есть слово «хъунаг» со значением «нуждающийся», «бедный», что тоже могло стать прозвищем, хотя такой вариант менее вероятен для фамилии, так как обычно прозвища с негативным оттенком реже закреплялись.

Модель образования проста: к основе Хунаг прибавили русский патронимический суффикс -ов, что типично для многих нерусских фамилий, которые фиксировались в России в XIX–XX веках. Это значит, что фамилия могла возникнуть не так давно, в период активного учёта населения на Кавказе, когда местные имена и прозвища переводили в официальные фамилии по русскому образцу. Географически Хунаговы чаще всего встречаются в Адыгее, Кабардино-Балкарии и Краснодарском крае — это подтверждает её кавказские корни.

Отдельно стоит отметить, что у фамилии нет однозначного славянского аналога. Единственное, что можно сравнить — фамилия Хунагов не связана с русским словом «хун» (как «хунта» или «гунны»), это случайное созвучие. В ономастических справочниках фамилия не упоминается в классических трудах по русским фамилиям (например, у Унбегауна), что лишний раз подчёркивает её локальный, неславянский характер. Исходное прозвище, скорее всего, описывало человека не по профессии или внешности, а по родственным связям — что было важно в традиционных обществах Кавказа.