Фамилия Хункарханов — одна из тех, что указывает на происхождение из тюрко-исламского культурного мира, а её носители, скорее всего, связаны с Северным Кавказом, в первую очередь с Чечнёй или Ингушетией. В основе лежит сложное имя или титул, что сразу отличает её от более простых русских патронимических фамилий.

Корень фамилии — «Хункархан». Первая часть, «Хункар», — это искажённое тюркское «хункяр» или «хюнкяр», что означает «государь», «повелитель» или «султан». В османской традиции это слово было одним из титулов правителя. Вторая часть, «хан», — также тюркский титул верховного правителя. Таким образом, двойной титул «Хункархан» переводится примерно как «хан над ханами» или «великий государь». Скорее всего, это было не родовое имя, а почётное прозвище или пышный именной компонент, который давали предку за особые заслуги, храбрость или знатное происхождение.

Суффикс «-ов» в конце — типичный русский патронимический формант, который присоединяли к нерусским фамилиям при документальном оформлении в XIX — начале XX века. Он означает «сын» или «принадлежащий». Полная модель образования: от личного имени (или прозвища) Хункархан → Хункарханов — «потомок Хункархана». Фамилия не прошла стадию бытового русского суффикса «-ин», что указывает на её позднюю фиксацию в официальных бумагах, когда стандарт уже сложился.

Регионально фамилия почти наверняка горская. Среди чеченцев и ингушей распространены фамилии на «-ов», образованные от арабо-тюркских имён с титулами (например, Солтанов, Беков). Хункархановы, вероятно, происходят из одного из тейпов, где в родословной сохранилось имя предка-воина или старейшины, носившего этот громкий титул. Спорных версий здесь немного: маловероятно, что корень связан с венгерским словом или славянским прозвищем — вся конструкция слишком явно указывает на тюркскую титулатуру, пришедшую на Кавказ через Османскую империю или Крымское ханство.

Встречаемость фамилии невысока, и в списках титулованного дворянства Российской империи она не значилась — это фамилия свободных горцев, а не аристократии. Современные носители живут преимущественно в Чечне, Ингушетии и в диаспорах, где фамилия сохраняет связь с памятью о предке, которого в своём обществе называли «государем».