Фамилия Хункаров — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность («чей?» — сын Хункара). Основа — Хункар.

Самая вероятная версия связывает эту основу с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий (например, в карачаево-балкарском, кумыкском) слово «хунк(ъ)ар» или «хункяр» означает «властелин», «правитель», «государь». Это слово восходит к персидскому «хункар» — титул османских султанов. Таким образом, прозвище Хункар могли дать человеку властному, с гордой осанкой или занимавшему видное положение в своей общине. Фамилия Хункаров, следовательно, означает «потомок (или сын) того, кого звали Хункаром».

Вторая, менее распространённая гипотеза, рассматривает связь с арабским словом «хункар» в значении «ремесленник», «мастер», но это значение менее типично для антропонимии Северного Кавказа и Поволжья, где фамилия встречается чаще всего.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась по русской модели, характерной для многих народов, вошедших в состав Российской империи: горцев, татар, башкир. Поэтому предки носителей фамилии Хункаров, скорее всего, жили в регионах с тюркским населением — на Кавказе, в Закавказье или в приволжских степях. Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом русском понимании: она отражает скорее социальное прозвище родоначальника, а не его сословную принадлежность.