Фамилия Хусяйнов — редкий случай, когда исходное имя-основа почти не изменилось, а вот суффикс указывает на вполне определённый регион и этническую среду. Вопреки интуиции, корень здесь не тюркский и не арабский, а персидский, хотя в русский язык он попал через татарскую или башкирскую традицию.

Основа фамилии — мужское имя Хусяйн (Хусаин, Хусейн). Это арабизированная форма персидского имени, которое восходит к арабскому «Хусейн» — уменьшительно-ласкательному варианту от «Хасан» (красивый, хороший). В исламской традиции Хусейн — внук пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено у мусульманских народов. В волго-уральском регионе, особенно у татар и башкир, оно закрепилось в форме Хусаин (с ударением на последний слог), а в диалектном произношении — Хусяйн.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий от отчества. Но здесь есть тонкость: у русских фамилии на -ов обычно происходят от полных форм имён (Иван — Иванов), а у тюркских народов, принявших русское делопроизводство в XIX веке, так оформляли любые отчества от мусульманских имён. То есть Хусяйнов — это буквально «сын Хусяйна». Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом русском смысле: её носители — выходцы из татарской или башкирской среды, которые в ходе переписей и паспортизации получили русское окончание.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Оренбуржью и Челябинской области. Встречается она и у казахов (как Хусаинов), но вариант Хусяйнов характерен именно для поволжских татар, где диалектное «а» переходит в «я» после мягких согласных.

Однокоренные фамилии — Хусаинов, Хусейнов, Хуснутдинов (с добавлением «нутдин» — религия, вера). Но Хусяйнов стоит особняком: он сохранил более архаичное произношение, близкое к разговорному, а не к книжному арабскому. Это редкая деталь, которая говорит о том, что фамилия закрепилась в устной, а не в письменной традиции.