Фамилия Хуторненко принадлежит к распространённому типу украинских и южнорусских фамилий, образованных от прозвищ. В её основе лежит нарицательное «хутор» — так называли обособленное хозяйство с земельным участком, усадьбой, скотным двором, огородом и садом. Прозвище Хуторной, от которого пошла фамилия, давали человеку, который жил не в общинном селе, а отдельно, на собственном хуторе. Это указывало на его независимый характер и хозяйственную самостоятельность: предок Хуторненко вёл своё дело сам, а не в составе крестьянской общины.

Впрочем, у прозвища есть и вторая версия происхождения, связанная с географией. Хуторами и селениями с названиями Хутор, Хуторово, Хуторянино густо усеяны земли России, Украины и Белоруссии. В таком случае прозвище Хуторной получал переселенец, пришедший из одного из этих мест. Обе версии правдоподобны, и обе говорят о том, что прозвище имело под собой реальную основу — либо место жительства, либо место рождения.

Особенность фамилии Хуторненко — в её суффиксе. Если от прозвища Хуторной чаще образовывали фамилии Хуторной, Хуторов, Хуторных, то форма на -енко типична для левобережной Украины и Слобожанщины. Суффикс -енко изначально означал «сын», «потомок», то есть Хуторненко — буквально «сын Хуторного». Такая модель фамилий массово закрепилась в казацкой среде в XVII–XVIII веках, когда наследственное имя переходило от отца к детям с этим патронимическим суффиксом.

Со временем прозвище Хуторной, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его и в повседневной жизни, и в официальных документах. Так потомки хуторянина стали Хуторненко, сохранив в фамилии память о том, что их предок жил наособицу, владел собственной землёй и усадьбой. Сегодня фамилия встречается преимущественно в Украине и в южных регионах России, куда в разное время переселялись украинские крестьяне и казаки.