Фамилия Хузаханова — одна из тех, что сразу выдают свою географию и этническую основу. Её носительница, скорее всего, происходит с Северного Кавказа, из среды народов, где распространены фамилии на -ов(а), образованные от арабских или тюркских имён. В данном случае корень — «Хузахан» (или «Хуза-хан»), где вторая часть, «хан», хорошо знакома: в тюркских и кавказских языках это титул верховного правителя, князя или военачальника. Однако приставка «Хуза» здесь необычна и требует разбора.

Первая часть фамилии, «Хуза», может восходить к арабскому имени Хузайфа (Хузейфа) — так звали одного из сподвижников пророка Мухаммеда, известного хранителя государственных тайн. В тюркской среде это имя нередко упрощалось до формы «Хуза». Вторая версия — связь с тюркским словом «хуз» (или «куз»), означающим «глаз» или «зрение», что могло лечь в основу прозвища зоркого, внимательного человека. Третья, менее вероятная, — происхождение от этнонима «хузары» (хазары), но для фамилии Хузаханова это слишком смелое допущение без дополнительных исторических подтверждений.

Модель образования фамилии типична для регионов, где в XIX–XX веках происходила русификация местных имён: к полному мужскому имени-прозвищу Хузахан добавили русский суффикс принадлежности -ов и женское окончание -а. Мужской вариант — Хузаханов. Фамилия указывает на родовитость: носитель или его предок мог быть потомком человека по имени Хуза, которого за уважение или власть величали «ханом». Скорее всего, предки были из числа горской знати, старшин или воинов, так как титул «хан» в быту простых крестьян не употреблялся.

Встречается фамилия в основном среди чеченцев и ингушей, реже — у народов Дагестана. В архивных записях и списках переселенцев XIX века она не фигурирует, что говорит о её сравнительно позднем оформлении и локальном бытовании. Носительницы фамилии Хузаханова сегодня живут в Чечне, Ингушетии, а также в крупных городах России, куда переехали в последние десятилетия.