Фамилия Хузяханова — редкий пример фамилии, образованной от полного арабо-персидского имени с тюркским суффиксом принадлежности. Она женская, мужской вариант — Хузяхан. Основа составная: первая часть «хузя» восходит к персидскому «худа» (хозяин, господин, Бог), вторая — «хан» (тюркский титул правителя, князя). Вместе имя Хузяхан буквально означает «господин-хан» или «владыка-хан». Такие составные имена с титулами (Мирзахан, Бекхан, Султанхан) были распространены у народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, особенно у татар, башкир и кумыков.

Суффикс «-ова» указывает на русскую модель образования фамилий по женской линии: «дочь или жена Хузяхана». Сама фамилия, скорее всего, оформилась в XIX — начале XX века, когда у мусульманских народов Российской империи начали массово фиксировать фамилии по отчеству. До этого человека могли звать просто Хузяхан, а его детей — Хузяхановы, то есть потомки Хузяхана.

Географически фамилия встречается преимущественно среди татар и башкир, особенно в северо-западных районах Башкортостана и в Татарстане. Встречается она и в Оренбургской области, что связано с переселениями башкирских и татарских родов в XVIII–XIX веках. Носительницы фамилии Хузяханова — почти всегда женщины, и по фамилии можно предположить, что их предки были людьми уважаемыми, возможно, из зажиточных крестьян или мелких служилых людей, так как имя «Хузяхан» давали в семьях, подчеркивающих свой статус.

Особенность фамилии — сохранение полной, нередуцированной формы имени. В отличие от многих фамилий, где «хан» со временем превратился в «-канов» или «-ханов», здесь обе части остались без изменений. Это делает фамилию Хузяханова ценной для ономастики: она фиксирует живую практику именования, где титул «хан» стоял не перед, а после определения «хузя», что встречается реже, чем классические «ханские» имена вроде Хангильде или Ханмурза.