Фамилия Хужакулов — одна из тех, что не встречаются в центральной России, но хорошо известна в Средней Азии, особенно в Узбекистане, Таджикистане и на юге Казахстана. Её основа — арабское слово «худжа» (или «ходжа»), которое через персидское и тюркское посредничество вошло в обиход. В исламской традиции «ходжа» — это почётный титул: так называли потомков пророка Мухаммеда (через его дочь Фатиму и имама Али), а также крупных землевладельцев, богатых купцов и духовных наставников. В Средней Азии слово «худжа» (в местном произношении — «хужа») закрепилось за сословием, которое вело род от арабских завоевателей или первых проповедников ислама.

Фамилия образована по характерной для узбекской и таджикской антропонимии модели: к основе «Хужакул» добавлен русский суффикс -ов, который в XIX–XX веках массово присоединяли к местным именам при переходе на фамилии по русскому образцу. Сама основа «Хужакул» — сложное имя, где «Хужа» (господин, наставник) соединяется с «кул» (раб, слуга). В буквальном переводе «Хужакул» означает «раб Ходжи» или «слуга господина». Такие имена с компонентом «кул» (сравните: Кулмухаммад, Кулбай) были распространены в тюркской среде, где самоуничижительные формулы подчёркивали смирение перед Богом или уважаемым человеком.

По сословному происхождению носители фамилии Хужакулов, скорее всего, не принадлежали к высшей знати. В отличие от прямых потомков пророка (сейидов), «хужа» часто обозначало местных духовных учителей, судей (казиев) или зажиточных ремесленников. В XIX веке, после присоединения Туркестана к Российской империи, многие носители этого титула записывались в метрики именно как Хужакуловы — по имени отца или деда. Географически фамилия чаще всего встречается в Ферганской долине, Самаркандской и Бухарской областях, реже — в Ташкенте.

Отдельно стоит заметить, что в русском языке фамилию часто записывают с ошибками: путают гласные в первом слоге (Хажакулов, Ходжакулов) или теряют букву «у». Правильное написание — через «у» после «ж», так как в оригинале звучит именно «хужа», а не «ходжа». В Таджикистане, где письменность на кириллице, фамилия может выглядеть как Хуҷақулов, но в русскоязычных документах закрепился именно вариант с «ж» и «к».