Фамилия Худжакулов — яркий пример того, как тюркские и арабские элементы переплелись в русской ономастике. Её основа восходит к составному личному имени Худжакул, которое состоит из двух частей. Первая, «худжа» (или «ходжа»), восходит к арабскому слову «хваджа» — «господин», «хозяин», «наставник». В тюркских языках это слово стало обозначать уважаемого человека, купца, а также духовное лицо или потомка пророка. Вторая часть, «кул», — тюркское слово, означающее «раб», «слуга». Однако в составе имён оно приобрело значение «раб Божий», «слуга Всевышнего», то есть передавало религиозное смирение. Таким образом, имя Худжакул буквально переводится как «раб господина» или «слуга наставника», но в реальности означало «раб Божий из рода ходжей» — подчёркивало и благочестие, и знатное происхождение.

Модель образования фамилии — классическая для тюркских народов, оказавшихся в орбите русского языка. Суффикс -ов присоединился к имени Худжакул по той же схеме, по которой из русских имён делали фамилии: Иван — Иванов. В конце XIX — начале XX века, при массовой паспортизации населения Средней Азии, многие узбекские, таджикские и казахские фамилии получили именно такое оформление. Поэтому Худжакулов — это «сын Худжакула», потомок человека, носившего это имя.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, особенно к его восточным и южным областям (Ферганская долина, Самарканд, Бухара). В этих регионах титул «ходжа» был особенно распространён среди потомков исламских проповедников и купцов. Встречается фамилия и в Таджикистане, где имя Худжакул также известно. В России и других странах бывшего СССР она редка и обычно указывает на миграцию из Средней Азии.

Любопытная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где основа — чисто тюркская или арабская, здесь мы видим редкий случай соединения двух заимствованных корней в одном личном имени. Фамилия Худжакулов не имеет славянских корней, но её суффикс — прямое свидетельство того, как русская бюрократическая система адаптировала местные имена под единый стандарт.