Фамилия Хюння — редкая, но с чёткой этимологией, уходящей в прибалтийско-финский языковой мир. Внешне она выглядит как застывшая форма финского имени или прозвища, и это подтверждается географией: подавляющее большинство носителей сосредоточено в Республике Карелия и соседних регионах, где исторически жили ингерманландские финны и карелы. Встречается фамилия и среди потомков финских переселенцев, оказавшихся на территории бывшей Российской империи.

Основа фамилии — hönnä или hönny (в разных диалектах), что в переводе с финского означает «гусь» или, в переносном смысле, «простак», «разиня». Прозвище Хюння могли дать человеку за внешнее сходство с гусем — например, за длинную шею или манеру ходить вразвалку, — а также за простодушный или рассеянный характер. В финской ономастике прозвища, образованные от названий домашних птиц, встречаются часто: они описывали поведение, внешность или даже профессию — пастуха гусей.

Модель образования фамилии бессуффиксная: в финском языке фамилии нередко оформлялись без русских окончаний -ов, -ин или -ский. Хюння — это чистая основа прозвища, которая перешла в статус фамилии без дополнительных формантов. Такая модель характерна для прибалтийско-финских фамилий, особенно в среде ингерманландских финнов, где фамилии часто заканчивались на гласный (Хюння, Лайне, Кокко). В русском контексте фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется как существительное женского рода — у женщины.

Встречается вариант написания «Хюннё» — это может быть как диалектное произношение, так и результат описки при записи в метрических книгах. В любом случае, фамилия Хюння — один из примеров того, как финское бытовое прозвище, привязанное к деревенскому укладу, закрепилось в качестве родового имени и сохранилось до наших дней.