Фамилия Кибелев — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не географическое название, а языческий культ. В её основе лежит имя древнегреческой богини Кибелы, Великой Матери богов, чей культ был распространён в античном мире, а позже — в эпоху эллинизма и в Римской империи. В русской ономастике такие «мифологические» фамилии встречаются крайне редко.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»). Кибелев — значит «сын (или потомок) Кибелы». Но как могло возникнуть такое прозвище? Вероятно, его давали человеку, который имел какое-то отношение к античной культуре или религии: возможно, он служил в церкви, где хранилась икона или книга с изображением Кибелы, или же просто отличался необычным, «божественным» поведением, за что и получил шутливое прозвище. В семинарской среде, где будущим священникам давали фамилии по именам святых и библейских персонажей, такое тоже могло произойти — как редкое исключение из правил, скорее как курьёз, чем как осознанное посвящение языческой богине.

Вторая, более прозаичная версия, которую не стоит сбрасывать со счетов: фамилия могла произойти от прозвища Кибель, которое не связано с богиней. В русских говорах слово «кибель» могло означать нечто шаткое, неустойчивое, а также — по созвучию — относиться к кибитке (повозке) или к человеку, который часто переезжал. Однако эта версия менее убедительна: ни один из известных диалектных словарей не фиксирует слово «кибель» в значении «повозка» или «неустойчивый человек» как общеупотребительное. Куда вероятнее книжное, искусственное происхождение.

География фамилии сегодня размыта, но первые письменные упоминания могли бы относиться к среде духовенства или разночинцев XVIII–XIX веков, когда семинаристы и учителя нередко получали фамилии из античного наследия. Известных носителей фамилии в истории нет — это редкая, почти уникальная фамилия, которая скорее говорит о необычном происхождении предка, чем о массовом роде.