Фамилия Кифатов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а церковное звание, да ещё и в греческом звучании. В отличие от привычных Поповых или Пономарёвых, Кифатовы ведут свою родословную от слова «кифа» — так в греческой традиции называли диакона, а точнее, его головной убор. В православной церкви «кифа» (или «кифара») — это особый плат, который носили диаконы, и само слово пришло из греческого языка, где означало «головной убор» или, в более широком смысле, «покрывало».

Словообразовательная модель здесь прозрачная: основа «кифат» — это, скорее всего, искажённое или народное переосмысление греческого «кифа» с добавлением суффикса -ат, который в русских фамилиях встречается редко. Обычно суффикс -ат указывает на принадлежность к чему-то («бородатый» — имеющий бороду), но в случае Кифатова он мог закрепиться как часть прозвища: «кифат» — тот, кто носит кифу, то есть диакон. Фамилии на -ов добавили уже стандартным образом: Кифатов — сын Кифата.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где греческое влияние через церковную культуру было особенно сильным. Встречается она и в среде казачества, где прозвища часто давали по внешним признакам или церковным должностям. Правда, массовой эта фамилия никогда не была — в дореволюционных переписях она фиксируется единично, в основном в Воронежской и Курской губерниях.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: некоторые исследователи связывают «кифат» с греческим словом «кетос» (морское чудовище), но переход от «кетос» к «кифат» фонетически натянут. Гораздо логичнее предположить, что предок Кифатовых был церковнослужителем, возможно, диаконом, и получил прозвище по своему облачению. Со временем прозвище стало фамилией, а церковная должность забылась — осталось только звучание, которое для современного уха кажется загадочным.