Фамилия Кифатова образована от мужского имени Кифат, которое в русской традиции почти не встречалось, но было известно в церковной среде. В основе лежит греческое слово «кифара» — струнный музыкальный инструмент, предок современной гитары. Однако напрямую имя Кифат вряд ли означало «музыкант». Скорее всего, это народная переработка канонического имени Кефас (арамейское «камень, скала») — так Христос назвал апостола Петра. В русских святцах имя Кефас встречалось редко, но в просторечии могло превратиться в Кифат, а затем и в фамилию Кифатов.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель отчества: Кифатов буквально значит «сын Кифата». Фамилия могла возникнуть в среде духовенства, где нередко давали необычные, книжные имена, или у крестьян, получивших прозвище от отца с редким церковным именем. Есть и другая версия: в южнорусских говорах «кифать» означало «болтать, пустословить», но это значение локально и не подтверждено в письменных источниках, поэтому версия с именем выглядит надёжнее.

Фамилия Кифатова — редкая, её носители встречаются в основном в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных документах она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или малой распространённости среди дворянства и купечества. Скорее всего, предки современных Кифатовых были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписях XIX века.

Интересно, что однокоренные фамилии — Кифаров, Кифарин — практически отсутствуют, а Кифатов встречается чаще в женской форме (Кифатова), что связано с традицией записывать семьи по мужу. В целом фамилия сохраняет связь с древним именем, уходящим корнями в библейские времена, хотя в быту её носители редко задумываются об этом.