Фамилия Кифаев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, восходящее к греческому слову «кифа» (κήθος) — «кит». В русской традиции так могли прозвать крупного, грузного человека, либо, в ироничном ключе, того, кто занимался ловлей или разделкой китов — промыслом, распространённым на Русском Севере, особенно у поморов. Менее вероятная, но встречающаяся в ономастике версия — связь с греческим именем Кифа (от арамейского «кефа» — «камень», «скала»), которое в христианской традиции стало одним из имён апостола Петра. Однако в русской среде имя Кифа практически не использовалось, поэтому прозвищное происхождение выглядит правдоподобнее.

Суффикс -ев указывает на стандартную модель образования русских фамилий от основ на мягкий согласный или -й: из прозвища Кифай (человек, похожий на кита) или Кифа (собственно «кит») путём притяжательного суффикса получили «сын Кифая» — Кифаев. Форма без йотирования (не Кифаев, а Кифаев) — результат упрощения в живой речи, когда конечный -й основы слился с суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к северным регионам — Архангельской, Мурманской областям, Карелии, где китобойный промысел был частью хозяйства. Встречается она и в центральной России, но с меньшей частотой. В дореволюционных переписях Кифаевы фиксировались в основном среди государственных крестьян и мещан — сословий, где прозвища закреплялись особенно прочно.

Примечательно, что фамилия не имеет однокоренных «родственников» в массовом списке русских фамилий: нет Кифовых, Кифиных или Кифанских. Эта изолированность говорит о том, что прозвище возникло в узкой локальной среде и не распространилось широко. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Кифаев не упоминается, что подтверждает её редкость и специфичность.

Таким образом, предок носителя фамилии Кифаев, скорее всего, был помором или жителем северного побережья, получившим прозвище за внешность или род занятий, связанных с морем. Фамилия — живое напоминание о промысловой культуре русского Севера, где даже кит мог стать основой для родового имени.