Фамилия Кильчаускас — почти стопроцентный маркер литовского или жемайтийского происхождения. Окончание «-ас» выдает в ней типичную литовскую фамилию мужского рода в именительном падеже (в родительном она звучала бы как Кильчауско). В Литве такие фамилии на «-аускас» (а также «-явичюс», «-утис») массово возникали в XIX веке, когда литовцам после отмены крепостного права официально закрепили фамилии, часто — по имени отца или по прозвищу.

Основа «Кильч-» почти наверняка восходит к литовскому слову kilčia или kilti — «происходить», «возникать», но в бытовой речи это могло быть прозвищем человека родом из конкретного места или с определенной чертой характера. Близкие параллели — фамилии Кильчюс, Кильчинскас. Есть версия, что корень связан с kiltis («племя», «колено рода»), то есть предок мог быть «родовитым» или просто старшим в роду. Однако более вероятно, что фамилия образована от названия хутора или деревни с корнем «Кильч-» — такие топонимы встречаются в Литве (например, Kilčiai в Жемайтии). В таком случае Кильчаускас — это «тот, кто из Кильчяй».

Суффикс «-аускас» — один из продуктивных в литовской фамильной системе, он часто заменял более старые формы на «-явичюс» в восточной и центральной Литве. Поэтому географически носители фамилии должны были концентрироваться в исторических регионах Аукштайтии или Сувалкии, а не в жемайтийской глубинке, где преобладали фамилии на «-ис» или «-ус».

В русском контексте фамилия Кильчаускас — редкая, её могли привезти в XX веке переселенцы из Литвы или потомки литовцев, живших в западных губерниях Российской империи. Встречаемость в современных базах — единичная, что подтверждает узкую локальную привязку. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к конкретному сословию нет — скорее всего, предки были крестьянами или мелкими землевладельцами.

Если сравнивать с однокоренными русскими фамилиями (вроде Кильчев или Кильчиков), то литовская версия сохранила исходное окончание без русификации, что указывает на позднюю миграцию или сохранение национальной идентичности.