Фамилия Кильгишев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет очевидного славянского корня, который сразу подсказал бы значение. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно присмотреться к её основе — «Кильгиш».

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения. Основа «Кильгиш» (или «Килгиш») восходит к тюркскому слову, которое можно перевести как «пришедший» или «тот, кто пришёл». В некоторых тюркских языках, например в казахском или татарском, «кел» означает «приходить», а суффикс «-гиш» образует имя деятеля. Таким образом, прозвище Кильгиш могли дать пришлому человеку, переселенцу или тому, кто недавно появился в этих местах. Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским мужским именем Кильгиш, которое в старину давали ребёнку, родившемуся после долгого ожидания или в дороге.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий. Он присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный, и означал принадлежность: «сын Кильгиша». То есть фамилия Кильгишев — это русифицированная форма тюркского прозвища или имени. Такие фамилии характерны для регионов, где русские и тюркские народы жили рядом: Поволжье, Приуралье, Сибирь. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми, которые получили прозвище по обстоятельствам своего появления на новом месте.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что подтверждает её нерусское происхождение. Встречаются варианты написания — Кильгишев, Кельгишев, но они редки. Фамилия не входит в число массовых, её носители живут в основном в центральной России и в регионах Урала. Поскольку это не дворянская и не купеческая фамилия, её история — это история простых людей, чьи предки когда-то переселились и закрепили за собой прозвище «пришелец», которое со временем стало родовым именем.