Фамилия Килиба — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу заметно, что в ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия не великорусского происхождения, а западная или южная. Скорее всего, она пришла из польского, белорусского или украинского языков, где такие «голые» основы без суффиксов встречаются гораздо чаще.

Корень «килиб» — тёмный. Можно предположить, что он связан с диалектным словом «килиба» или «килеба». В некоторых говорах так называли неуклюжего, неповоротливого человека или, наоборот, задиру. В польском языке есть слово «kiliba» (читается как «килиба») — это старинное название особого сорта груши или, в переносном смысле, короткой толстой палки, дубины. Отсюда легко возникает прозвище: либо по внешнему сходству (коренастый, плотный человек), либо по характеру (прямолинейный, грубоватый).

Есть и более прозаичная версия. Фамилия могла быть топонимической — то есть образованной от названия места. В Польше и на Западной Украине встречаются небольшие хутора и урочища с названием Килиба или Килибы. Предок мог получить фамилию просто по месту жительства: «Килиба» — тот, кто родом из Килиб. Такие фамилии-топонимы без суффикса характерны для юго-западных регионов бывшей Речи Посполитой.

Суффикс отсутствует, но окончание -а указывает на женский род в польской или украинской традиции. Однако носителем фамилии мог быть и мужчина — в документах её часто не склоняли по падежам, записывая как есть. В современной России фамилия встречается единично, в основном в Краснодарском крае и Ростовской области, куда в XIX–XX веках переселялись крестьяне с Украины и юга России. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Более точных данных о дворянском происхождении или известных носителях нет — фамилия осталась в тени истории.