Фамилия Килипенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась по всей территории Малороссии и юга России. Суффикс -енко в украинской антропонимии традиционно указывал на потомка: Килипенко — это буквально «сын Килипа». В основе лежит личное имя или прозвище Килип.

Ключевой вопрос — что такое «Килип»? Самая прямая версия: это народная, разговорная форма канонического имени Филипп. В южнорусских и украинских говорах звук «ф» часто заменялся на «хв» или «к» — так Филипп превращался в Хвилип, а затем и в Килип. Подобные переходы встречаются и в других фамилиях: Кириленко (от Кирилл, где «к» — начальное), но здесь, скорее, именно адаптация греческого имени.

Есть и более редкая, но любопытная версия: прозвище Килип могло быть связано с диалектным словом «килип» — так в некоторых говорах называли заострённый кол, шест или даже вид рыболовной снасти. В таком случае прозвище мог получить человек высокий, худой или занимавшийся определённым ремеслом. Однако эта гипотеза менее надёжна, так как не имеет массового подтверждения в словарях, в отличие от связи с именем Филипп.

Географически фамилия Килипенко наиболее плотно представлена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Днепропетровской областях. В России она встречается в приграничных регионах и в среде потомков переселенцев с Украины. Сословно предки Килипенко, скорее всего, были казаками или крестьянами — именно эти слои населения активно формировали фамилии на -енко в XVII–XIX веках. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксировано, что тоже косвенно подтверждает её народное, неаристократическое происхождение.