Фамилия Килипко — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание нехарактерным для славянских языков звучанием. Дело в суффиксе -ко: в украинской и белорусской традиции он чаще всего присоединяется к основе имени или прозвища, образуя фамилии вроде Шевченко, Тимошенко, Коваленко. Но если там основа прозрачна, то с Килипко сложнее. Корень «килип-» в славянских языках не встречается, и это главная загадка.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от тюркского или греческого имени. Наиболее правдоподобная версия — от мужского имени Килип, варианта греческого Филипп. В южнославянских и украинских говорах начальное «ф» часто заменялось на «хв» или «к» (ср. Хведор вместо Фёдор, Килип вместо Филипп). Таким образом, Килипко — это «сын Килипа», то есть потомок человека по имени Филипп. Модель образования типична для Поднепровья и Слобожанщины: уменьшительное имя + патронимический суффикс -ко.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — прозвищное происхождение. В некоторых говорах «килип» могло означать нечто связанное с глаголом «килипать» (ковылять, хромать), но это слово узкорегиональное и почти не зафиксировано в письменных источниках. Если оно и бытовало, то скорее в западных областях Украины, где фамилия Килипко тоже встречается, но реже.

Географически фамилия тяготеет к центральной и восточной Украине. В России она редка, чаще всего её носители — потомки переселенцев с Украины времён Столыпинской аграрной реформы или советских миграций XX века. Социально предки-носители фамилии могли быть казаками или крестьянами: патронимическая форма на -ко в XVI–XVII веках была распространена именно в этих сословиях, а не среди шляхты или духовенства.

Таким образом, Килипко — это украинская фамилия-патроним, восходящая к имени Филипп через его народную форму Килип. В ней нет ни дворянского блеска, ни тёмного прозвищного следа — обычная история человека, которого в документах записали по отцу, а со временем это прозвище стало родовым именем.