Фамилия Килипута — редкая и нестандартная по звучанию. Её основа, скорее всего, восходит к нарицательному «келеп». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля это слово имеет два значения: «трость костылем» (то есть палка с загнутым верхом, опора при ходьбе) и «палка с молоточком» — нечто вроде дубинки или боевого приспособления. Отсюда и расходятся возможные объяснения.

Первая версия — бытовая, «инвалидная». Прозвище Килип (или Килипута) могли дать человеку, который ходил с костылём. Ударение, суффикс и окончание (-ута) здесь работают как увеличительно-пренебрежительный оттенок: не просто «тот, кто с костылём», а скорее «тот самый, приметный хромой». Такие прозвища цепко держались за человека и легко переходили в фамилию без дополнительных суффиксов — это так называемые «украинско-белорусские» модели на -а, -я, -ута.

Вторая версия — профессиональная или военная. Если «келеп» — это палка с молоточком (нечто вроде кистеня или дубины), то Килипута мог быть воином, который таким оружием владел, или мастером, который их ковал. В пользу этой гипотезы говорит то, что прозвища по оружию и снаряжению в старину были распространены (сравните: Топор, Копьё, Булгак). Однако «келеп» — слово не частое и скорее диалектное, поэтому фамилия осталась локальной и не размножилась.

Третья версия — внешность. В говорах «келеп» иногда обозначал худого, нескладного человека, который «торчит, как костыль». Тогда прозвище отражало телосложение: долговязый, сутулый, угловатый.

Чередование гласных в корне (и/е) — явление историческое, типичное для русских говоров и украинского языка. Форма «Килипута» закрепилась в документах, хотя исходное слово звучало как «келеп». Это не ошибка писаря, а живой процесс: в безударном положении «е» перешло в «и», или наоборот, в диалекте произносили «килеп», а писали на слух.

Географию фамилии установить трудно: она встречается единично, преимущественно на западе России и в восточных областях Украины. Сословно — скорее всего, крестьянское или казачье прозвище: в дворянских и купеческих родах такие «говорящие» и неблагозвучные основы не приживались.

В итоге: фамилия Килипута — прозвищная, скорее всего украинского или белорусского корня, образованная от слова «келеп» (костыль, дубина). Предок мог быть хромым, худощавым, воином или ремесленником. Точнее сказать нельзя — слишком редкая и не попавшая в массовые переписи фамилия.