Фамилия Кильхерт — редкий случай в русском ономастиконе, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ерт нехарактерно для исконно русских фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Здесь мы видим немецкую или еврейскую (ашкеназскую) модель: фамилии на -ерт часто образованы от личных имён или прозвищ с помощью суффикса, указывающего на принадлежность или профессию. В немецком языке -ert — это вариант суффикса -hart (сильный, твёрдый), который встречается в составных именах.

Основа «Кильх» скорее всего восходит к немецкому слову «Kiel» (киль корабля) или к имени «Kilch» (диалектное произношение имени «Кильян»). Но есть и другая, более правдоподобная версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. В Германии есть город Киль (Kiel) в земле Шлезвиг-Гольштейн, а также местечко Кильх (Kilch) в Швейцарии. Переселенец из такого места мог получить прозвище «Кильхерт» — то есть «тот, кто из Киля» или «из Кильха». Суффикс -ерт тогда выступает как патронимический или локативный, аналогичный русскому -ский.

Если же копать в сторону ремесла, то «Кильхерт» могло быть прозвищем корабела или плотника, работавшего с килем. Но эта версия слабее, так как немецкие фамилии от профессий обычно строятся иначе: Шиффбауэр (судостроитель) или Циммерман (плотник), а не через суффикс -ерт.

В России фамилия Кильхерт встречается крайне редко, в основном среди потомков немецких колонистов, которые селились в Поволжье, на юге Украины и в Прибалтике в XVIII–XIX веках. В метрических книгах лютеранских приходов можно найти единичные записи этой фамилии, но массового распространения она не получила. Это типичная «однодворная» фамилия, которая могла принадлежать одной семье или даже одному роду, осевшему в конкретной деревне.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Киль, Кильман, Кильберг показывает, что основа «киль» в немецкой ономастике чаще привязана к географическому названию, чем к профессии. Поэтому наиболее вероятная версия — фамилия образована от топонима, а её носители — потомки выходцев из города Киль или швейцарского Кильха.