Кильницкая — фамилия с польско-украинскими корнями, что выдаёт типичный суффикс -цк(ая). В русской традиции фамилии на -ский/-цкий указывали на дворянское происхождение или связь с местностью, но в украинских и белорусских землях их часто носили и крестьяне, и мещане — просто по названию села или хутора.

Основа «Кильниц-» скорее всего восходит к топониму. На карте Польши и Западной Украины встречаются деревни Кильники, Кильнице, Кильниця. Человек, переехавший из такой местности, получал прозвище Кильницкий — «тот, кто из Кильников». Женская форма Кильницкая закрепилась за дочерью или женой носителя мужской версии фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Кильник. В говорах «киль» или «килька» могло означать что-то узкое, клинообразное (сравните «киль» у корабля). Тогда Кильником звали человека с острыми чертами лица, высокого и худого, либо мастера, работавшего с клиньями (плотника, кузнеца). Однако географическая привязка выглядит убедительнее: фамилия компактно встречается в Волынской и Ровенской областях, а также среди потомков переселенцев из этих мест в Сибири и на Дальнем Востоке.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «е» — Кильнецкая, что ещё крепче связывает её с названием села Кильне. В любом случае, Кильницкая — фамилия не частая, без громких исторических носителей, но с чёткой географической привязкой к западнорусским и польским землям.