Фамилия Килундина восходит к прозвищу Килундя, источником для которого послужил олонецкий глагол «киляндать» - «звенеть, бряцать, дребезжать, издавать высокие звуки». Соответственно, Килундей прозвали человека, у которого был высокий, неприятный голос. Согласно еще одной гипотезе, данная фамилия имеет балтийское происхождение и восходит к эстонскому корню kilu – «слабый, немощный, хиляк». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Килундя, со временем получил фамилию Килундина.