Фамилия Килундина — один из тех редких случаев, когда прозвище предка можно связать с конкретным диалектным словом. В основе лежит прозвище Килундя, а источник для него — олонецкий глагол «киляндать», то есть «звенеть, бряцать, дребезжать, издавать высокие звуки». Человека с таким прозвищем, скорее всего, дразнили за высокий, резкий или неприятный голос. Олонецкая привязка — не случайность: фамилия географически тяготеет к северо-западу России, к бывшей Олонецкой губернии, где такой говор был в ходу.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Килундина буквально значит «жена (или вдова) Килунди» или «дочь Килунди», а в позднейшем употреблении — просто «из семьи Килундей». Фамилии на -ин в этой местности типичны для крестьянской и мещанской среды, так что социальный фон — скорее всего, простые сословия.

Есть и вторая версия, менее очевидная, но с правом на существование: балтийский след. Согласно этой гипотезе, корень восходит к эстонскому kilu — «слабый, немощный, хиляк». Если так, то прозвище Килундя могли дать тщедушному или болезненному человеку. Эстонское влияние на северо-западе России исторически объяснимо — соседство и смешанное население в Причудье и Приладожье. Однако первая версия — с «киляндать» — выглядит убедительнее: она прямо ложится на местный говор, а глагол звукоподражательный, что для прозвищ типично.

Что интересно: фамилия сохранила редкую форму с окончанием -а в именительном падеже. В современном русском языке такие фамилии (на -ина) чаще склоняются как прилагательные, но в документах XIX века нередко писали просто «Килундина» без варианта для мужчин — это указывает на то, что фамилия могла закрепиться сначала за женщиной (например, вдовой) и лишь потом стать родовой.